子供たちと幸せそうに暮らす、女性ドライバーの玲奈。
しかしその正体は子供を守る為ならどんな手段も厭わない、母親の狂気に取り付くホラー・ノンロッソだった。
魔戒騎士・御影神牙は、相棒の魔戒法師・楓沙と共にホラーの気配を感じ、討伐に赴く。 ノンロッソと激しい戦闘を繰り広げる二人。しかし神牙はどうしてもホラーを斬ることができない。その理由には、神牙の身に起きた過去のある出来事があった。

女子校の構内にホラーの気配を感じ取った神牙たち三人。
そこにいたのはいじめの被害を受け、強い恨みによってホラーと化した
女子高生・佳菜恵（永井理子）だった。討伐しようとする神牙だが、
同級生・敦美（久田莉子）が佳菜恵を守り、斬ることができない。
戦いのなか、佳菜恵はついにホラー・カデーナに豹変、敦美に襲い掛かる。
神牙は敦美を庇うが、右手をカデーナに噛まれてしまう。
しかし、その右手は変化を始め…

ホラー・カデーナに噛まれた右手は、奇妙な形のアザとなっていた。斬ったホラーが人間に戻る、という不可思議な現象に頭を悩ませる神牙たち。そんな中、番犬所の指令が下り、三人はある屋敷に出現するというホラーの調査に向かう。
屋敷の中にいたのは、鏡を使い人の陰我を増幅させる能力を持つホラー・フォーンス。ホラーの光を浴びてしまった刀眞は、封印されていた過去の記憶を引き出されてしまう。

ホラーの気配を感じ、調査に向かう神牙たち。楓沙は怪しい気配を発する元プロレスラーの男・石田（藤田和之）を発見、追跡を試みる。
元レスラーの実力を生かし、場末の地下闘技場の人気ファイターとして生活していた石田。だがその正体はある事件をきっかけに悪人に異常な殺意を抱く、“悪人喰いのホラー”であった。

番犬所は、神牙のホラーを人間に戻す能力について疑念を持っている。
その真偽を確かめる為、魔戒騎士・狼斬（高杉亘）と同じく魔戒騎士である紫杖（菅原昌規）を調査に派遣する。
調査の途中、ホラーの気配が発生。討伐しようとする紫杖。だが、一瞬の隙を突いてとどめを刺したのは神牙だった。神牙の能力を目の当たりにし、神牙の能力を本物と認めた狼斬と紫杖だが…

あるキャバクラ店に、わずかな期間で三人もの人間を喰ったホラーがいるとの情報を得た楓沙。名前を偽り、潜入調査を開始する。
店で働くキャバ嬢の一人・梨花（清水葉月）は二人の客を自殺させたことがあるとの噂があった。梨花にホラーの疑いを抱いた楓沙は、梨花に接触を試みる。
梨花の居場所を突き止めた神牙だが、その雰囲気はいつもと違っており…

とあるビル。
着ぐるみ姿で金庫を物色する強盗のヒトシ（高野春樹）とアケミ（冨手麻妙）。
ホラーの気配を察知し、すでにホラーと化していたヒトシを追う神牙。
アケミを気絶させた楓沙が何者かの気配を感じて振り返ると、そこは狼斬の姿が。
神牙の周りで何かが動き出している……
紫仗はその何かに巻き込まれたと考え、楓沙を問い詰める狼斬。
一方で、少しづつ様子が変わっていく神牙の前に謎の男が現れる。

身の安全を考え、刀眞を修練場に預けることにした神牙。
そこで、刀眞と同年代の見習い騎士である
圭将・大輝、楓沙の妹分である弓葉・裕奈とそれぞれ再会する。そんな修練場の中心にいたのは、里の導師・要（二階堂智）とその息子の昴流（鈴木福）。
昴流は、見習い騎士の中でも最強と噂される存在だった。噂に違わぬ昴流の実力を目の当たりにし、たじろぐ刀眞。しかし神牙と共に戦いたい刀眞は、勝ったら神牙についていく約束を交わし、昴流に勝負を挑む。

ホラー討伐の後、突然現れた魔戒法師・鵜飼（池田良）。
鵜飼は、番犬所より早くホラーを見つけることができると豪語する。共に人間を救うためと、無差別にホラーを戻していくやり方を咎める楓沙だが、神牙は聞く耳を持たない。 次々とホラーから人間へと戻していく神牙と鵜飼。その順調な様子に、自身の正義を確信していく神牙だが…

神牙の能力は本物か……他の魔戒騎士との共存はできるのか。
魔戒騎士・狼斬は、番犬所の指令を受け、神牙の過去を徹底的に調べ上げる。なぜ神牙は「ホラーを人間に戻す」という能力を身に着けるに至ったのか。そのうちに浮かび上がってくる神牙という存在。魔戒騎士はホラーを斬る、という掟から背きつつある神牙は、果たして正義なのか…

一度人間に戻し、新たな人生を歩み始めたはずのヒトシとアケミ。しかし、再び罪を重ね、今度はアケミがホラーとなって神牙の前に現れる。
戸惑う神牙の前で、ホラーを切り裂いたのは狼斬だった。狼斬は神牙に番犬所の調べに応じるよう要求する。一方、番犬所の呼び出しに従った楓沙。楓沙はケルスたちに、神牙の力を証明する術があることを伝える。

激しく激突する神牙と狼斬。もはや力に溺れきってしまった神牙に、狼斬の言葉は届かない。狼斬と傍付きの魔戒騎士たちの攻撃に追い詰められる神牙。しかし、神牙を救ったのは、神牙を見限ったはずの楓沙だった。一時は救われたものの、狼斬に苦戦する神牙。
そんな神牙の姿を見て、自らの正体と立ち向かう決意をする刀眞。番犬所に同行し神牙の力を証明する覚悟を決めた刀眞と楓沙だが……

自分の授かった力に慢心する神牙。
全てを受け入れ共に歩もうとした相棒の楓沙をも疑い、手にかけてしまう。
そう、己の正義の名の下に…
激昂した刀眞は神牙に牙を剥く。
瞬間、時が止まりそこに現れたのはまたしてもジンガだった。
ジンガは神牙に問う…お前の持つ力の意味とは？ そしてその力を授けたのは一体、誰なのか？
再び神牙の前に現れたジンガの目的とは…
最後に立つ者が全てを終わらせ、そこから全てが始まる。
そして時は動き出す―